Do obecnej edycji rozgrywek o Puchar Polski Arka przystępowała jako klub ekstraklasy sezonu 16/17 i rozpoczęła zmagania od 1/16 finału, rozgrywając pierwszy mecz 10 sierpnia 2017. Sześć spotkań później, 2 maja 2018, żółto-niebiescy wybiegną na murawę Stadionu Narodowego, by walczyć o trofeum równo rok po triumfie nad Lechem Poznań.
1/16 finału
10 sierpnia 2017
Arka Gdynia - Śląsk Wrocław 4:2 pd. (Zbozień 63, Siemaszko 66, 110, Sambea 102 - Pawelec 42, Piech 43)
Awans do finału rok po zdobyciu Pucharu Polski wydawał się prawie niemożliwy, ale (prawie) niemożliwego żółto-niebiescy musieli dokonać już w pierwszym meczu w drodze na Narodowy. Do przerwy przegrywali ze Śląskiem Wrocław 0:2 po golu Pawelca po rzucie rożnym i trafieniu Piecha, który wykorzystał fatalne zachowanie Krzysztofa Pilarza w bramce Arki. W drugiej połowie Arka rozpoczęła odrabianie strat od ładnej główki Damiana Zbozienia po dośrodkowaniu z rzutu rożnego. Zaledwie trzy minuty później remis dał Rafał Siemaszko, który oddał precyzyjny strzał po świetnej akcji Filipa Jazvicia. W dogrywce zdecydowanie lepsi żółto-niebiescy rozstrzygnęli losy pojedynku. Najpierw wspaniałym uderzeniem z dystansu popisał się Yannick Sambea, a w 110. minucie zwycięstwo przypieczętował Rafał Siemaszko, zdobywając bramkę głową po podaniu Michała Nalepy. Wygrana ze Śląskiem pokazała niezwykły charakter Arki i udowodniła, że podobnie jak przed rokiem, Arkę stać na rzeczy wielkie.
1/8 finału
19 września 2017
Podbeskidzie Bielsko-Biała - Arka Gdynia 1:2 (Sobczak 20' - Piesio 14', Zarandia 110')
Po starciu z ekstraklasowym Śląskiem, przyszedł czas na pojedynek z pierwszoligowym Podbeskidziem. Wyjazd do Bielska-Białej rozpoczął się świetnie. Grzegorz Piesio wykorzystał dobrą wrzutkę Zarandii i uprzedził bramkarza rywali, pakując głową piłkę do siatki. Sześć minut później było 1:1, po tym jak defensorzy Arki nie upilnowali w polu karnym Szymona Sobczaka. W drugiej połowię Arka osiągnęła sporą przewagę, w poprzeczkę trafił Luka Zarandia, ale ostatecznie nie udało się zdobyć zwycięskiej bramki. Co się odwlecze, to nie uciecze. W 110. minucie Luka Zarandia zdecydował się na strzał z dystansu. Piłka po pokonaniu ok. 35. metrów odbiła się jeszcze od słupka i wpadła do bramki. Arka utrzymała prowadzenie i mogła się cieszyć z awansu do ćwierćfinału.
Skrót meczu Podbeskidzie - Arka
1/4 finału
25 października 2017
Chroby Głogów - Arka Gdynia 0:2 (Jurado 16', Danielak 90' s)
Ćwierćfinałowy dwumecz rozpoczęliśmy w Głogowie. Naprzeciw Arki stanął Chrobry, prowadzony przez Grzegorza Nicińskiego. Z wyjazdu żółto-niebiescy przywieźli bardzo dobry wynik. W pierwszej połowie po przejęciu piłki na połowie głogowian Siergiej Kriwiec zagrał do Rubena Jurado, któremu pozostało wpakowanie piłki do bramki. Mecz nie był wcale jednostronny, gospodarze m.in. dwa razy trafili w poprzeczkę, ale Krzysztof Pilarz zachował czyste konto. W końcowych sekundach piłkę do własnej bramki po zagraniu Zarandii skierował Karol Danielak.
29 listopada 2017
Arka Gdynia - Chrobry Głogów 1:1 (Jazvić 22' - Kowalczyk 69')
W rewanżu Arka miała na spokoju dopiąć awans do półfinału i tak też się stało. Pierwszy i jedyny gol Filipa Jazvicia dla Arki sprawił, że goście byli w bardzo trudnej sytuacji. W pierwszej połowie Arkowcy stworzyli sobie jeszcze kilka dogodnych sytuacji. Strzegący bramki gości Gospodinow trzy razy zatrzymał Rafała Siemaszkę, a w 45. minucie obronił strzał Sołdeckiego z 5. metrów. Ostatecznie w 69. minucie wyrównał Kowalczyk i spotkanie zakończyło się remisem, który promował Arkę.
1/2 finału
4 kwietnia 2018
Korona Kielce - Arka Gdynia 2:1 (Kaczarawa 14', 69' - Zarandia 80')
Jesienią w ekstraklasie Arka wygrała w Kielcach 3:0. W Pucharze zadanie było jednak trudniejsze po tym jak w 14. minucie Kaczarawa przeskoczył Marcjanika i wbił głową piłkę do bramki Arki. To był gruziński wieczór w Kielcach, bo napastnik Korony dołożył drugie trafienie w 69. minucie spotkania, a wynik meczu ustalił niezawodny Luka Zarandia. Pomocnik Arki przejął futbolówkę po złym zagraniu Dejmka, popędził na bramkę i pokonał Alomerovicia, dając nadzieję na wyeliminowanie rywali w rewanżu w Gdyni.
17 kwietnia 2018
Arka Gdynia - Korona Kielce 1:0 (Marcus 85')
Podobnie jak w dwumeczu z Bytovią w poprzedniej edycji Pucharu Polski, podobnie i teraz Arka po porażce 1:2 na wyjeździe potrzebowała minimalnego zwycięstwa w rewanżu. I znów dopięła swego. Korona przyjechała do Gdyni z nastawieniem obrony jednobramkowej zaliczki. To zemściło się w samej końcówce meczu. Wprowadzony z ławki Marcus wykorzystał dobre zgranie Rubena Jurado po ładnej akcji żółto-niebieskich i z bliska huknął nie do obrony pod poprzeczkę bramki Korony. Pięćdziesiąty gol Marcusa w barwach Arki dał jej przepustkę na Stadion Narodowy drugi rok z rzędu!
