W rozgrywkach Centralnej Ligi Juniorów weźmie udział 48 drużyn w czterech grupach po 12 zespołów - Grupa A (Łódzki ZPN, Mazowiecki ZPN, Podlaski ZPN, Warmińsko-Mazurski ZPN), Grupa B (Kujawsko-Pomorski ZPN, Pomorski ZPN, Wielkopolski ZPN, Zachodniopomorski ZPN), Grupa C (Dolnośląski ZPN, Lubuski ZPN, Opolski ZPN, Śląski ZPN), Grupa D (Lubelski ZPN, Małopolski ZPN, Podkarpacki ZPN, Świętokrzyski ZPN).

Prawo gry w poszczególnych grupach mają po trzy drużyny z każdego województwa - uczestnicy rozgrywek Ligi Makroregionalnej Juniorów Starszych 2012/2013 oraz zwycięzca ligi wojewódzkiej.

Dwie najlepsze drużyny z każdej grupy awansują do ćwierćfinałów, natomiast kluby które zajmą dwa ostatnie miejsca spadną z CLJ (będą miały prawo występować w rozgrywkach ligi wojewódzkiej).

W rozgrywkach Centralnej Ligi Juniorów zagrają zawodnicy urodzeni w 1995 roku lub młodsi. W meczach kluby są zobowiązane do wystawienia w trakcie całego spotkania co najmniej trzech zawodników urodzonych w roku 1996 lub młodszych.